> спрашивала врача своего про версии вируса, врач сказала что у них никто никакие версии не выявляет и никак не делит
Всё правильно врач сказал. До сих пор все варианты вируса обладали схожими свойствами по воздействию на организм, и протоколы лечения одинаковые (очень серьёзные отличия в заразности, некоторые в симптомах). Врачу важно (или нет) вылечить своих пациентов, какие там подтипы вариантов ковидлы для него не имеет значения.
Секвенирование в России проводят редко и выборочно. Слишком редко, - и это проблема.
Ну а так-то энтузиасты, у кого пара десятков тысяч рублей лишние, могут в коммерческой лаборатории заказать геномный анализ своей личной ковидлы. Поиском по словам 'ковид и секвенирование' несложно найти
Практического смысла лично для себя в этом никакого.
> > Секвенирование в России проводят редко и выборочно. Слишком редко, - и это проблема. > > Так откуда же известно тогда, что в РФ именно страшная "дельта" Была летом-осенью 2021 г?
Редко и выборочно - в том смысле, что интенсивность исследований радикально уступает тому, что происходит в развитых странах.
Но это не значит, что совсем нет.
Например, институт гриппа Смородинцева систематически занимается секвенированиями, ряд других организаций.
Но это категорически недостаточно, очень мало для масштабов нашей страны.
(Цифры приблизительные, по порядку величины) В мире несколько миллионов секвенирований проведено, а в них из России лишь тысячи. Т.е. лишь сотня-несколько сотен в месяц.
При том, что в течение осени мы успешно боролись за первые места в списке стран-рассадников инфекции, где ковидла резвится наиболее вольно и успешно.
Лидер в этой области Англия - там у каждого десятого заболевшего секвенируют.
Помните не раз за последние месяцы были споры вокруг английской статистики? Ну обычно кто-то очередной обнаруживает, что там в реанимациях больше вакцинированных, чем невакцинированных, и из этого ошибочно делает вывод, что вакцинация вредит. А вот сами эти документы обычно никто не читает - а там то (если это именно недельные отчёты) как раз масса информации о динамике, сколько каких вариантов выявлено и т.д.
> Так откуда же известно тогда, что в РФ именно страшная "дельта" Была летом-осенью 2021 г?
Про лето-осень 2021 я не ответил.
Добавлю.
Немного грубый (в смысле точности), но простой и быстрый (самостоятельно воспроизводится за 1 минуту) ответ:
На заглавной странице[censored] слева сверху в выпадающем списке вместо омикрона (откроется с ним по умолчанию) выбрать "VOC Delta GK..."
На визуализации справа сверху графики динамики доли выбранного варианта вируса для соответствующих континентов.
На легенде можно отжать лишнее (всякие америки), оставив только "Europe-UK", "Europe-noUK", "Asia"
Дальше можно мышой навестись на точку соответствующую интересующей нас доле варианта (допустим, 50% посередине замещения предыдущего варианта) для каждой из трёх серий графика.
[censored]
Резонный вопрос - а что за сайт такой, и какое нам дело, что за картинки он рисует? [censored]
(1е и 3е предложение введения)
GISAID - международная научная инициатива, основанная в 2008, обеспечивающая открытый доступ к данным геномов вирусов гриппа и коронавируса covid-19. GISAID облегчает геномную эпидемиологию и наблюдение в режиме реального времени для отслеживания появления новых штаммов вируса COVID-19 по всей планете.
То есть это платформа/база для общемировой координации находящимися в открытом доступе результатами секвенирования ковидлы.
Можно сделать выгрузку по странам (затем открываем Excel, "Данные"-"Получение внешних данных"-"Из текста", подсунуть туда сохранённый CSV. Автофильтр на заголовок, фильтрануть для России. Но здесь увидим за последний месяц (112 образцов 100% дельта - но 112 это очень мало) и общее количество.
Другой резонный вопрос - ну хорошо, видим динамику по Европе и Азии, но может мы совершенно особенные и в России всё было совсем иначе.
Тем более, что я как раз говорил об особенности, что в России и Англии доминирование дельты началось раньше чем в Европе в целом, и что взрывной рост июня связан именно с этим штаммом.
У меня сейчас не получается выгрузить именно из GISAID полную помесячную статистику, поэтому вместо этого приведу статью от 16 июня 2021 года: [censored]
В частности: "В основном информацию размещает находящийся в Санкт-Петербурге российский консорциум по секвенированию геномов коронавирусов SARS-CoV-2 (Coronavirus Russian Genetic Initiative, CoRGI). Он создан на базе Института гриппа имени А.А. Смородинцева.
...
Данные CoRGI говорят о том, что вариант «Дельта» занимал чуть больше половины (52%) во всех образцах, полученных в мае, и больше 90% — в тех, что были изучены в июне (22 из 24 полученных образцов). Такую скорость распространения варианту «Дельта» дает свойство повышенной трансмиссивности. Он распространяется быстрее уханьского варианта, а также варианта «Альфа», показывают данные из других стран."
а также (в той же статье):
"Логичнее всего связать рост заболеваемости именно с распространением нового индийского штамма, сказал «Известиям» руководитель лаборатории геномной инженерии МФТИ Павел Волчков.
— Так как ничего с апреля и мая в РФ не поменялось, я связываю резкий подъем заболеваемости с новым контагиозным штаммом, — отметил он.
Высокое распространение индийского штамма в России подтверждают данные международного мониторинга. Согласно инфографике портала Nextstrain.org (на нем представлены постоянно обновляемые данные по распространению вариантов коронавируса в разных странах), индийский штамм занимает самую значительную долю распространения из всех опасных мутантных вариантов."
см. мои ответы Mmax.
Платформа GISAID содержит 5733270 секвенированных геномов ковидлы (первый загружен 10 января 2020).
Можете смотреть распространение, динамику, филогенетические деревья (эволюция между разными вариантами).
С точки зрения количества секвенированных вариантов вируса covid-19 сейчас вроде является наиболее исследованным вирусом в мире.
> > Секвенирование в России проводят редко и выборочно. Слишком редко, - и это проблема. > > Так откуда же известно тогда, что в РФ именно страшная "дельта" Была летом-осенью 2021 г?
И ещё одним способом отвечу.
Здесь можно воспроизвести даже не за минуту, а за один клик, вообще ничего делать не надо. [censored]
nextrain использует данные с GISAID
Здесь очень наглядно видно, как в течение всей весны из России приходят варианты Альфа и их потомки.
А затем внезапно почти все точки исключительно зелёные - варианты Дельты.
А синие точки практически тут же исчезают - против +50% более заразной дельты старые варианты были сметены.
Количество одних и других точек как раз отражает частоту встречаемости старых и новых вариантов в популяции.
Вот это и есть мощная волна, начавшаяся с июня месяца и по настоящий момент (с "перерывом" на предвыборную компанию и выборы - в данных Оперштаба)
[censored]
Можно сравнить с тем, как я описывал динамику эпидемии в России в 2021 году в ветке "Смертность в РФ за последний год рекордная со времен войны"
https://vott.ru/entry/599153?cid=6974493
> А мне вот интересно, как они выявляют, что это именно "омикрон", а не "альфабеттагамма" какая-нибудь?
Секвенирование определяет всю цепочку РНК вируса.
И исследователи видят, что для данного вируса на 16345 позиции стоит не та аминокислота, чем в дельте, и в 17301й позиции замена, и т.д..
Именно эти конкретные и непосредственные различия, определяемые инструментально и первичны.
А условные ярлычки "дельта", "омикрон", "омикрон 147й разновидности" вторичны - они вешается уже исходя из набора таких отличий:
* в нашей только что секвенированной ковидле оказалось 27 изменений (по сравнению с эталонной дельтой).
* из этих 27 изменений 26 замен и по месту в цепочке, и по тому на что произошла замена, совпадают с изменениями эталонного "омикрона" - значит говорим, что у нас омикрон, но чуть отличающийся.
Сейчас, сейчас
Всё правильно врач сказал. До сих пор все варианты вируса обладали схожими свойствами по воздействию на организм, и протоколы лечения одинаковые (очень серьёзные отличия в заразности, некоторые в симптомах). Врачу важно (или нет) вылечить своих пациентов, какие там подтипы вариантов ковидлы для него не имеет значения.
Секвенирование в России проводят редко и выборочно. Слишком редко, - и это проблема.
Ну а так-то энтузиасты, у кого пара десятков тысяч рублей лишние, могут в коммерческой лаборатории заказать геномный анализ своей личной ковидлы. Поиском по словам 'ковид и секвенирование' несложно найти
Практического смысла лично для себя в этом никакого.