Не обязательно. Дом стоит отдельно и "живет" своей жизнью независимо от уровня мостовой. Может быть дом изначально построен на пригорке, (а может быть и в низине) относительно мостовой...
А остальные могли разрушиться, сгореть, быть сожранными древоточцем раньше чем сгниет мостовая, а какие-то напротив - стоять все триста лет, все больше "утопая" в земле. Вариантов масса.
В этом году на Херсонесе сняли 7 метров грунта и нашли слепы римского времени выдолбленные в материковой скале. Все склепы целые... В смысле - неразграбреленные. Все, кроме одного: в нем блиндаж времен войны. Вот как он туда попал, на семиметровую глубину с учётом того, что в радиусе десяти метров от этого блиндажа все римские склепы целые?!
Если дом изначально, допустим в 12 веке, был построен на пригорке, который был намного выше самого верхнего слоя мостовой 15 века, то остатки этого дома мы сейчас найдём выше, чем эта самая мостовая 15 века.