11 июля 2013 года Тверской суд Москвы заочно приговорил Браудера к девяти годам заключения по делу о неуплате налогов на сумму более 522 млн рублей путем фальсификации налоговых деклараций и незаконного использования льгот, предназначенных для инвалидов. Через две недели после этого Россия объявила Браудера в международный розыск. В этом же преступлении суд признал виновным и покойного сотрудника фонда Сергея Магнитского.
В декабре 2017 года Браудер был приговорен к девяти годам заключения за преднамеренное банкротство, ущерб государству от которого составил более 3,5 млрд рублей.