В 1996 году Майкл Макфол принимал участие в работе предвыборного штаба тогдашнего президента России Бориса Ельцина. Характер этого участия оценивают по-разному. Сам Макфол уверяет, что дело ограничилось беседой «на ближней даче Сталина» с Александром Коржаковым, которого будто бы впечатлила одна из его научных работ по теории выборов.
С другой стороны, лидер ЛДПР Владимир Жириновский тогда же утверждал, что Майкл Макфол входил в секретную команду американских политтехнологов, обеспечивших Ельцину победу на президентских выборах и переизбрание на второй срок.