Кудрин назвал "позорным" уровень бедности в РФ...

С 1 августа 1996 года по 26 марта 1997 года — заместитель руководителя администрации президента Российской Федерации — начальник Главного контрольного управления Администрации президента Российской Федерации[27][28]. Приглашен на эту должность главой администрации президента Анатолием Чубайсом[29].

Вместе с Владимиром Путиным, также перешедшим в 1996 году на работу из Санкт-Петербурга в Москву, считался членами команды Чубайса[30][31].

С марта 1997 года — первый заместитель министра финансов Российской Федерации, приглашён в министерство А. Б. Чубайсом, который в это время стал министром финансов. Преемником Кудрина на посту главы Главного контрольного управления стал Владимир Путин[31].

С 29 апреля 1997 года по 6 апреля 1999 года — заместитель управляющего от Российской Федерации в Международном валютном фонде[32][33].

С 6 мая 1997 года по 22 марта 1999 года — заместитель управляющего от России в Европейском банке реконструкции и развития[34][35].

С 13 ноября 1998 года по 25 сентября 1999 года — представитель России в Исполнительном комитете Союза Беларуси и России[36][37].

14 января 1999 года председатель Правительства Российской Федерации Евгений Примаков снял Кудрина с должности первого замминистра финансов[38]. В конце января 1999 года назначен на должность первого заместителя председателя правления РАО «ЕЭС России» Анатолия Чубайса[29].

С 31 мая 1999 года — первый заместитель министра финансов Российской Федерации[39].

С 18 мая 2000 года — Заместитель председателя Правительства Российской Федерации — министр финансов Российской Федерации[40].

С 9 марта 2004 года — министр финансов Российской Федерации[41].

24 сентября 2007 года — 7 мая 2008 года — заместитель председателя Правительства Российской Федерации — министр финансов Российской Федерации. С 7 мая по 12 мая 2008 года продолжал исполнять обязанности до назначения нового правительства[42].

12 мая 2008 года назначен заместителем председателя Правительства Российской Федерации — министром финансов Российской Федерации в новом правительстве В. В. Путина[43].

С 17 октября 2008 года — член[44], с 3 декабря 2008 года — заместитель председателя[45], а с 4 января 2010 года — председатель Совета при Президенте Российской Федерации по развитию финансового рынка Российской Федерации[46].

С 11 января 2010 года — член правительственной комиссии по экономическому развитию и интеграции[47].

Весной 2011 года получил предложение возглавить партию «Правое дело», от чего отказался. Как заявил он в сентябре 2011 года, «якобы существовавшая возможность возглавить „Правое дело“ на самом деле для меня отсутствовала. Я не рассматривал для себя перспективу участия в искусственном проекте, по факту дискредитирующем либерально-демократическую идею.»[48], в декабре он также заявил, что отказался, поскольку посчитал, что нужно создавать новую партию правого толка, а «Правое дело» «с не совсем понятными для него людьми, да ещё и с определенным контролем Кремля будет недееспособным»[49].

1 ноября 2013 года вошёл в президиум Экономического совета при Президенте Российской Федерации[69].

[censored]